El zoológico que fue inaugurado el 23 de junio de 1972 ocupa el terreno que es su momento fue el Prado de Vallipuente, con el Puente de las Charcas sobre el Arroyo de Prado del Rey y el Acueducto de las Charcas de la Cacera Mayor. Por su parte en el Arroyo de los Meaques que también discurre dentro de sus instalaciones estaba el Puente del Álamo Negro cuyas huellas se borraron al hacer el recinto. A parte de estas ocupaciones que no están bien tratadas por los responsables del Zoológico actual, en su proyecto original se hizo un trazado de valla que afectó a la Ermita de San Pedro de Meaques y al Puente del Batán.

El zoológico fue una obra donde intervinieron muchos arquitectos, ingenieros y escultores los principales impulsores de la idea original fue principalmente de Francisco Javier Carvajal Ferrer y Julián Colmenares Juderías,

La ubicación de El Zoológico afectó irremediablemente a la zona donde estuvo el primitivo batán en el siglo XVII, a la Ermita de San Pedro de los Meaques y al Puente del Batán que quedaron encerrados por la valla metálica.

Concesión hecha por el Ayuntamiento de Madrid, por acuerdo plenario de fecha 30 de septiembre de 1968, se adjudicó a Zoológico, S. A., de Madrid, la concesión por un plazo de 35 años. Con una superficie de 200.000 metros cuadrados y 53.000 de aparcamiento.

Aunque en la Casa de Campo hubo desde sus comienzos animales para la distracción de los reyes y visitantes, no se puede hablar de un zoológico en toda regla.
Es muy extenso el listado que tenemos de los animales que hubo en la Casa de Campo antes de que se trasladara aquí el zoo del Retiro: desde elefantes, leones, tigres. Osos, águilas, venados, pelícanos, camellos, monos grises y blancos, antílopes, tortugas, antílopes de Oran, búfalos, vicuñas, llamas, gacelas, monos, gamos, ciervos, faisanes, jabalíes, avestruces, pavos reales, gansos del Nilo etc…
No hay que olvidar que el Reservado hoy llamado Grande se le llamó la leonera, como deja apuntado Texeira. Tenemos muchas citas como esta de 1651. «Para que se les dé como solía, que eran ocho libras a cada león, y hoy no se les da más que diez y seis libras para los tres”
Ya se dice en las Reales Ordenanzas
“De los animales fieros suelen tal vez traerle, tenerse enjaulados en Castilla, para admiración, y grandeza, leones, tigres, elefantes, rinocerontes, onzas, espines, gacelas, dromedarios y camellos, traídos de los Estados que tienen nuestros Reyes en la África, y una; y otra India, como algunos de ellos hemos visto en nuestro tiempo, y los camellos perseveran hoy en Aranjuez, y leones, y tigres en la Casa Real del Campo” . Reales Ordenanzas glosa XXXVII, pág. 115.
Fray Juan de Pineda (1558 – 1637) nos dice: “esto movió al señor Rey Felipe II. (que supo encumbrar la suya en el grado más alto que ha tenido, ni tendrá la Española Monarquía) á poblar sus Reales Bosques de las aves que aquí veda, haziendo traerlas de los otros muchos Reynos, y Estados que Dios le dio dentro de Europa, en España, Italia, Lombardia, Sicilia, Flandes, como fuera della en la Africa y Asia y America”.
Y como consecuencia de la posesión de estos animales, tenemos que siendo trasladado desde la Casa de Campo a Palacio una leona , esta escapó, y para capturarla se montó una montería que queda recogida en este episodio: “era el tiempo de el Rey Don Felipe II, hizieron una montería al Arroyo de Brañigal la Reyna Doña Isabel, y el Príncipe Don Carlos, de una leona que se avia soltado del Palacio, y como con buena fortuna de los que la monteavan murió desangrada de una gran cuchillada que le dio un lacayo en el hozico, acosada de los lebreles y atravesada por los monteros con venablos”.
Ya en el año 1957 se aprueba por el Ayuntamiento de Madrid un proyecto de construcción de un nuevo Zoológico en la Casa de Campo, que según la noticia se inaugurará en 1961 y estará situado cerca de El Lago y la Puerta de las Moreras, con una superficie de 2.820.000 metros cuadrados. Por supuesto no llegó a construirse.